1994 yılında Manisalı gençlerin spor yapabilmesi düşüncesiyle Manisa Belediyespor olarak kuruldu ve 1996 – 1997 sezonunda 2. Amatör Küme liginde mücadele etti. 1997 – 1998 sezonunda 2. Amatör Liginde şampiyon olarak 1. Amatör lige yükseldi.
Futbolda 2002-2003 sezonunu Manisa 1. Amatör Kümede şampiyon olarak tamamlayan kulüp, 1999 – 2000, 2000 – 2001, 2003-2004, 2004-2005, 2005-2006 ve 2006-2007 sezonlarında süper amatör kümede mücadele etti.
Manisa Belediyespor, 2007-2008 sezonunda 3.Lig’e terfi maçlarına katılma başarısı sağlamışsa da, 2008-2009 ve 2009-2010 sezonlarında süper amatör kümede derece elde edemedi.
31 Mart 2009’da Manisa Belediye Başkanı seçilen sporcu başkan kimliğiyle Manisa’da heyecan uyandıran isim olan Cengiz Ergün’ün girişimleriyle adeta çağ atlayan Manisa Belediyespor, 2010-2011 futbol sezonunda Bölgesel Amatör Lig’e yükselerek, tarihinde bir ilke imza attı.
2013-2014 sezonunda 3. Lig’e yükselme müsabakasını finalde kaybeden Manisa Belediyespor, Manisa’nın büyükşehir olmasıyla birlikte ismini Manisa Büyükşehir Belediyespor olarak tescil ettirdi.
2014-2015 sezonunda Bölgesel Amatör Lig’de grubunda birinci olan Manisa Büyükşehir Belediyespor, tarihinde yine bir ilki gerçekleştirdi ve 3. Lig’e yükseldi.
2015-2016 sezonunda 3. Lig’e alışan yeşil-beyazlılar, 2016-2017 sezonunda 2. Lig’e yükselme play-off müsabakalarında 4. oldu.
Takvimler 2017-2018 sezonunu gösterdiğinde 3. Lig kabına sığmayan temsilcimiz, 3. Lig 1. Grubu şampiyon tamamlayarak 2. Lig’e yükselme başarısı gösterdi.
2018-2019 sezonunda grubunu 3. sırada tamamlayan Manisa Büyükşehir Belediyespor, 1. Lig’e yükselme play-off yarı finali oynadı.
31 Temmuz 2019 yılında Manisa’nın bu önemli futbol takımı olan kulübümüz Manisa Büyükşehir Belediye Başkanı Cengiz Ergün öncülüğünde Kulüp Başkanı Mevlüt Aktan ve yönetiminin girişimleriyle siyah-beyaz armasıyla ve Manisa Futbol Kulübü adıyla yeni başarılara, yeni ilklere kollarını açtı.
Manisa Futbol Kulübümüz, 2019-2020 sezonunda TFF 2. Lig Kırmızı Grubu 3. sırada tamamlayarak play-off oynama başarısı gösterdi ancak finalde TFF 1. Lig şansını kaybetti.
Takımımız, 2020-2021 sezonunda TFF 2. Lig Beyaz Grup’ta namağlup şampiyon olarak adını TFF 1. Lig’e yazdırdı.
Manisa Futbol Kulübümüz, tarihinde ilk kez mücadele edeceği TFF 1. Lig’de de yeni zaferler, yeni başarılar ve yeni şampiyonluklar için yoluna devam edecek.
